テクスチャ変更時に発生しやすいトラブルについて、その対処方法についてまとめました。
順次追記していきます。

ex01.オブジェクトがピンクになったよ!?

オブジェクトの表面がピンク色になるのはnifで参照しているテクスチャのパス情報が間違っているからです。この場合、ゲームのレンダリングシステムはテクスチャを見失ってピンク色で表現されてしまいます。
次のことを確認してください。

1. nifファイルで指定したファイルパスは間違っていないですか？タイプミスを防ぐために花のマークをクリックしてファイルセレクトダイアログから選び直してみてください。
2. ファイルの配置が間違っていませんか？デフォルトでは/data/texture/以下の適切な場所に配置されている必要があります。自分で新たにディレクトリを作った場合などは間違えやすいので注意。
3. DDSファイルが壊れていませんか？たまにありますが、GIMPやPhotoshopのDDSエクスポーターの動作不良で不完全なDDSファイルや、容量ゼロのDDSファイルが出力されてしまうことがあるようです。作ったDDSを開き直して期待した通りの状態になっているか確認するクセをつけましょう。
   

ex02.NifSkopeで表示出来るけどゲーム内で表示されないよ！

この場合は次の2つのパターンが考えられます。一つめはノーマルマップテクスチャの不備、二つめはNifのAlphaPropertyの不備です。

ノーマルマップテクスチャ関連のチェック

Oblivionのレンダリングシステムはテクスチャに対して必ずノーマルマップを要求します。
メインテクスチャと同じディレクトリ内にノーマルマップが見つからない場合は、NifSkopeで表示確認できるのにゲーム内では表示されない現象が起きます。
ノーマルマップテクスチャはメインテクスチャのファイル名末尾に_nが付いた物というルールがあります。（例：maintextur.dds→maintexture_n.dds）
また、テクスチャのファイル名に「_」を使ってしまうと、ノーマルマップテクスチャが正常に読み込めなくなります（ノーマルマップの「_n」以外に「_」を使ってはいけません）。

ノーマルマップにもアルファチャネルの情報を保持しており、ファイルが無い場合はノーマルマップ情報がゼロ（＝&h000000＝黒＝全部透明）と見なされるために発生する現象です。

1. ノーマルマップテクスチャを作り忘れていませんか？もう一度ディレクトリ内を確認して見てください。
2. ノーマルマップテクスチャのファイル名が間違っていませんか？メインテクスチャのファイル名末尾に一つのアンダースコア（_）と一つのエヌ（n）を加えたものしかノーマルマップテクスチャとして認識されません（末尾の「_n」以外に「_」を使ってはいけません）。
3. アルファチャネル情報が全部黒になっていませんか？メインテクスチャを作ったときにアルファチャネルが全て黒になったまま生成すると、ノーマルマップも全部黒（＝全部透明）になります。ノーマルマップDDSを開いてきちんと生成されているか確認してください。
4. ファイル保存形式が間違っていませんか？ノーマルマップテクスチャはDXT1（1bit Alpha）という形式で保存する必要があります。
   

AlphaProperty関連のチェック

こちらに詳しく解説がありますので参考にしてください。
→MOD制作者：Alpha Propertyについて

参考アドバイス：既存アイテムのnifを片っ端から開いてAlphaPropertyを確認してみてください。それと同じ設定にしてみると解決できるかもしれないです。

ex03.色々チェックしたけど表示できないよ！

諦めろ。ってのはあんまりなので次のことを確認してみてください。

1. もしかしてnifファイルのオブジェクトのScale情報いじってないですか？scaleが1以外に設定（例えば0.9とか1.2とか）になってるとインベントリーでは表示されるけど、ゲーム内で表示できないことがあります。
2. もしかしてConstructionSetの設定間違ってないですか？アイテムを作ったときに新しく登録した場合はnifの参照先を決めてますけど、そのへんの設定間違ってないでしょうか？
3. もしかして自作MODファイル読み込んで無（ry・・・。そんな初歩的な間違いはやってないですよね？

ex04.なんか色がおかしいよ！？

考えられるのはNifの設定でAlphaPropertyとMaterialPropertyの設定が適切じゃないからかも。

こちらにMaterialPropertyについても詳しく解説がありますので参考にしてください。
→MOD制作者：Alpha Propertyについて

ありがちなのが金属鎧のテクスチャ張り替えのときにSpecular等が灰色になってるために、例えば白銀鎧にしたいのになんか色が灰色っぽくなっちゃうとか、グラス装備元にした性でなんか緑っぽくなっちゃうとかっていう現象です。

あとは逆に布装備とかでspecularが黒（＝反射しない）になってるのを、金属っぽくしたのになんか物足りないってときは、ここにグレーとかを設定するとソレっぽくなります。